El Complejo Fronterizo Santa Rosa, inaugurado en el año 2007, fue creado con el objeto de controlar el ingreso y salida de personas, mercancías, medios de transporte y equipajes, facilitando su tráfico mediante la aplicación de procedimientos ágiles y simplificados, de acuerdo con las funciones que compete a cada una de las entidades que desarrollan funciones en nuestras instalaciones. Su infraestructura, cuya construcción y equipamiento fue financiada íntegramente por la Superintendencia Nacional de Administración Tributaria-SUNAT, se basa en un modelo de atención lineal debidamente diferenciada en función de la unidad de transporte y del usuario, integrando a las entidades involucradas en su operación, optimizando los puntos de atención en busca del menor desplazamiento de usuarios, evitando congestionamiento y empleando tecnología de punta para el desarrollo de las actividades de control.
Las entidades públicas que desarrollan funciones en el Complejo Fronterizo Santa Rosa son: la Superintendencia Nacional de Administración Tributaria (SUNAT) a través de la Agencia Aduanera Santa Rosa (ADUANA), la Dirección General Forestal y de Fauna Silvestre (SERFOR), Servicio Nacional de Sanidad Agraria (SENASA),Superintendencia Nacional de Migraciones (MIGRACIONES), Policía Nacional del Perú (PNP), Banco de la Nación (BN), y el Ministerio de Cultura.
La administración del Complejo Fronterizo está a cargo de la SUNAT, a través de la Sección de Soporte Administrativo Santa Rosa que tiene por función garantizar su óptimo funcionamiento, así como proveer los bienes y servicios necesarios para el desarrollo de las labores de control.